Перец хабанеро применяется в кухнях многих стран, особенно широко он используется в национальных кухнях Центральной и Южной Америки, а также южных штатов США, прежде всего Техаса. Некоторые блюда, в которых применяется хабанеро: - мясные блюда, особенно жареные; - рыба и морепродукты; - свежие овощи и фрукты; - соленья и маринады; - различные гарниры — рис, картофель, овощи; - коктейли на основе водки, текилы и мартини; - соусы табаско, чатни и сальса. Также хабанеро добавляют в азиатские соусы, африканские стью, европейские маринады.