Структура аппарата акима Мангистауской области включает отделы и (или) структурные подразделения, которые утверждаются приказом руководителя аппарата. Некоторые функции отделов: обеспечение соблюдения регламента акимата области; подготовка ежеквартального перечня вопросов для рассмотрения на заседаниях акимата области; правовая экспертиза проектов постановлений акимата области, решений и распоряжений акима области, подготовленных областными управлениями и местными исполнительными органами; информационно-аналитическое, организационное-правовое и материально-техническое обеспечение заседаний акимата области, совещаний, встреч и визитов, других мероприятий, проводимых акимом области и его заместителями; подготовка материалов на заседание акимата области; координация деятельности городских и районных исполнительных органов, своевременное получение от них информации о выполнении указов Президента Республики Казахстан, постановлений и распоряжений Правительства Республики Казахстан, постановлений акимата области и решений акима области; обеспечение связи акимата области со средствами массовой информации; участие в правовом обеспечении и решении иных вопросов деятельности акима области; изучение общественного мнения о социально-экономическом положении в области, обобщение и подготовка предложений по предупреждению и преодолению негативных явлений в экономике и общественной жизни; проведение анализа качественного состава и движения кадров, входящих в перечень должностей, назначаемых акимом области; организация учёбы, подготовки, переподготовки кадров; рассмотрение служебных документов; рассмотрение обращений физических и юридических лиц; организация личного приёма граждан и представителей юридических лиц, в том числе работников аппарата. Аппарат акима Мангистауской области осуществляет руководство и контроль, организационное, правовое, информационно-аналитическое, консультативное и материально-техническое обеспечение деятельности акимата и акима области.