Некоторые трофеи, которые выиграл Томас Мюллер в составе «Баварии»: Кубок Германии (6): 2009/10, 2012/13, 2013/14, 2015/16, 2018/19, 2019/20. Суперкубок Германии (8): 2010, 2012, 2016, 2017, 2018, 2020, 2021, 2022. Лига чемпионов УЕФА (2): 2012/13, 2019/20. Суперкубок УЕФА (2): 2013, 2020. Клубный чемпионат мира (2): 2013, 2020.