Некоторые трофеи, которые выиграл Томас Мюллер в составе «Баварии»:
- Кубок Германии (6): 2009/10, 2012/13, 2013/14, 2015/16, 2018/19, 2019/20 .
- Суперкубок Германии (8): 2010, 2012, 2016, 2017, 2018, 2020, 2021, 2022 .
- Лига чемпионов УЕФА (2): 2012/13, 2019/20 .
- Суперкубок УЕФА (2): 2013, 2020 .
- Клубный чемпионат мира (2): 2013, 2020 .