Решение о назначении МР-ангиографии принимает врач на основе медицинских показаний. Некоторые случаи, в которых назначают МР-ангиографию: резкое ухудшение остроты зрения; сильные головокружения; повторяющиеся боли в голове неясной причины; нарушения речи; потеря координации; черепно-мозговые травмы; подозрение на инсульт, рассеянный склероз, деменцию, атеросклероз, аневризму, эпилепсию; гипертонический криз; заболевания мозга: церебральный атеросклероз, васкулиты, арахноидит, болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона; оценка эффективности лечения после черепно-мозговых травм, инсультов или проведённых операций.