Органикалық заттарды келесі ерекшеліктер бойынша жіктеуге болады: құрамына; көміртек скелетының құрылымына; сутек атомдары арасындағы байланыстың мөлшеріне. Құрамына қарай органикалық қосылыстарды көмірсутектер, оттекті, азотты, галогенді, күкіртті, металлды заттарға бөлуге болады. Көміртек скелетінің құрылысына қарай органикалық қосылыстары ациклді (циклдерді қамтитын), циклді және гетероциклді болып бөледі. Сутек атомдарын аралас байланысқа қарай ашық тізбекті (алифатикалы), тұйық тізбегі бар (алициклді, ароматты), гетероциклді болып негізгі үш топқа бөледі: алкандар, алкендер, алкиндер.