Алматы мемлекеттік табиғи қорығының флорасы 960-нан астам жоғары өсімдік түрлердің ішінде 112 ағаш пен жапырақты түрлерден тұрады. Қорықтың флорасында қараңғыларда абрикос, Мушкетов курчавкасы, Сиверс ашықы, Недзвецкі ашықты, Кавказ каркасы, Алтай гимноспермиумі өседі. Орталық жайылғанында Виттрока ревеньі, Семёнов хохлатки, алма-атинский қызылшақ, адонистердің — сарысы және Тянь-Шаньдық, Семёнов кортузасы өседі, ал шығындарында Шиликте Тянь-Шан сибиркасы, Талгардың сол жағында және Корженевский қарлығының аймақтарында соссюрея бұтағы, Есик пен Шиликтің заманық мореналарында шмальгаузения өседі. Қорықта арника және альпийская фиалка өседі — бұл тау-бөкелінің жоғарғы жайылымдарында жиі кездесетін қараңғы және жоғалған өсімдікті қорғауға тиесілі түрлер.