Батыс Алтай мемлекеттік табиғи қорығы Алтай тау жүйесінің биогеоценоздарын кешенді қорғау үшін құрылған .
Қорықтың ландшафтық кешеніне Иванов (2800 м), Холзун (2500 м) және Көксін (2300 м биіктіктегі) жоталарының таулы жер бедерлерінің бөлігі қосылады . Қорықта төрт табиғат аймағы бар: тау тундрасы, тау шалғындары, тау ормандары және тау түндрессары .
Батыс Алтай қорығында 804 өсімдік түрі бар, олардың ішінде 25-тен астам Қазақстанның Қызыл кітабына енген . Құстардың 130 түрі кездеседі, олардан сиректері көкқұйрық және ала бұлбұл болып табылады . Сүтқоректілердің 52 түрі, оларға қарай балықтардың 7 түрі да кіреді .