Простагландины подразделяют на четыре группы: E, A, B, F. В зависимости от положения заместителей и двойных связей в циклопентановом цикле различают простагландины типов А, В, С, D, E, F и т. д.. Отличие групп простагландинов заключается в их физиологических функциях: например, простагландины типов A, J и D оказывают противовирусное действие, а типов J, D и их А-производные проявляют высокую противоопухолевую активность.