Әлкей Марғұлан тарих, археология, этнография, әдебиет, өнер және металлургия саласына қатысты 300-ден астам ғылыми-зерттеу жұмыстарын жазды. Марғұланның кейбір еңбектерінің атауы: «Қазақ халқының көне замандағы ақындық өнерінің шеберлері» (1959); «Тамғалы тас жазуы» (зерттеу).