Микробиологияның негізгі салалары: жалпы, техникалық, ауыл шаруашылығы, ветеринариялық, медициналық, санитарлық. Жабдықтарды пайдаланатын салалар: Жабдық микробиологиясы. Техникалық микробиология. Ауыл шаруашилығы микробиологиясы (аграрлық). Ветеринариялық микробиология.