Некоторые основные идеи Энтони Флю в философии религии: «Принципиальное открытое сомнение». Утверждение, что большинство религиозных утверждений либо не имеют смысла, либо не могут быть проверены. Идея о том, что любой философский спор о Всевышнем должен начинаться с презумпции атеизма, а существование Бога следует доказывать. В 2004 году Энтони Флю пересмотрел свои взгляды и признал существование некоего разумного начала, стоящего за возникновением жизни и Вселенной: 1. Аргумент от замысла. 2. Аргумент от Перводвигателя. Флю считал, что почти невероятная сложность и точность кода ДНК не могли появиться случайно.