Основные задачи Комитета санитарно-эпидемиологического контроля Республики Казахстан: проведение единой государственной политики в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения; изучение санитарно-эпидемиологической обстановки, организация мероприятий по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения и контроль за их исполнением. Некоторые полномочия Комитета: издание нормативных правовых актов по вопросам, входящим в его компетенцию; проведение совещаний, семинаров, конференций и международных симпозиумов по вопросам, входящим в компетенцию Комитета; запрос от государственных органов, граждан и организаций информации по вопросам обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения; осуществление контрольных функций по санитарной охране государственной границы от заноса и распространения карантинных, особо опасных и других инфекционных заболеваний; предложение временного отстранения от работы лиц, являющихся источником инфекционных и паразитарных заболеваний; установление ограничительных мероприятий (карантина) на отдельных объектах, подлежащих санитарно-эпидемиологическому надзору; требование проведения обязательной вакцинации населения, профилактической и очаговой дезинфекции, дезинсекции и дератизации в помещениях, на территориях и в очагах инфекционных и паразитарных заболеваний; запрещение или приостановление до устранения нарушений санитарных правил эксплуатации действующих производственных объектов промышленности, транспорта, сельского хозяйства, связи, отдельных видов работ, технологических процессов, оборудования, инструментов, гидротехнических сооружений, предприятий общественного питания, торговли и иных сооружений, школ, детских и лечебно-профилактических учреждений, санаториев, зданий культурно-бытового назначения и других объектов; наложение административных взысканий в соответствии с законодательством Республики Казахстан; обращение в суд в случаях невыполнения физическими и юридическими лицами законных требований санитарно-эпидемиологической службы в порядке и на основаниях, установленных законодательством Республики Казахстан.