Некоторые достижения Евгения Алдонина в футболе: Командные: двукратный чемпион России (2005, 2006); трёхкратный серебряный призёр чемпионата России (2004, 2008, 2010); двухкратный бронзовый призёр чемпионата России (2007, 2012); пятикратный обладатель Кубка России (2005, 2006, 2008, 2009, 2011); четырёхкратный обладатель Суперкубка России (2004, 2006, 2007, 2009); обладатель Кубка УЕФА (2005); обладатель Кубка Первого канала (2007); серебряный призёр зимнего первенства Санкт-Петербурга (2018/19). Личные: лауреат премии «Стрелец» в номинациях «Надежда сезона» (2002) и «Лучший полузащитник оборонительного плана» (2002, 2004); заслуженный мастер спорта (2005); в 2005 году получил Орден Дружбы.