Сюжет игры Little Nightmares II: Мальчик по имени Моно просыпается в лесу после того, как он увидел сон о том, что он идёт по длинному коридору, который ведёт к двери с символом в форме глаза на ней. Уклонившись от ловушек, разбросанных в лесу, Моно приходит в дом, принадлежащий Охотнику — таксидермисту, делающему из своих жертв чучела. Моно и Шестая убегают из дома Охотника, преодолевая реки и болота, они попадают в сарай и находят там ружьё. Соорудив импровизированный плот, Моно и Шестая покидают остров. Дети попадают в школу, в которой сталкиваются с Учительницей-рокурокуби и школьными учениками в виде живых фарфоровых кукол. Пройдя часть города, Моно и Шестая попадают в Больницу, где они сталкиваются сначала с пациентами-манекенами и их отдельными частями тел, боящимися прямого света, а затем с Доктором, ползающим по потолку, проводящим жестокие эксперименты над своими пациентами, превращая их в живых манекенов с протезами в разных частях тела. Моно и Шестая попадают в Бледный город. Когда Моно в очередной раз проникает через телевизор в коридор с дверью, он, наконец, открывает дверь, и из экрана телевизора выходит высокорослый старик, именуемый в игре как «Худой человек», и начинает преследовать детей. В процессе битвы, Моно убивает Худого человека и с помощью своих сил искажает пространство и перемещается к башне. На Моно и Шестую внезапно нападает больших размеров биомасса с многочисленными глазными яблоками, попутно разрушая внутренности башни.
