Естественный ареал выхухоли ограничен бассейнами рек Волги, Дона и Урала. Наиболее благоприятны для обитания выхухоли замкнутые пойменные водоёмы (типа стариц) с площадью водного зеркала 0,1–0,5 га и глубиной 1,3–5 м, с участками невысоких, но сухих обрывистых берегов с водной растительностью и близостью пойменного леса. Некоторые места, где встречается выхухоль: - В бассейне Днепра (на Европейской части России) — по рекам Ипуть, Вязьма, Остёр, Сейм, Свапа Смоленской, Брянской и Курской областей. - В бассейне Дона — по рекам Воронеж, Битюг, Хопёр и их притокам (Воронежская, Тамбовская, Липецкая, Саратовская, Пензенская, Волгоградская области). - В верховьях Волги встречается по рекам Которосль (Ярославская область) и Унжа (Костромская область). - Одна из наиболее крупных популяций сохранилась в нижнем течении Клязьмы (Владимирская, Ивановская области), по нижнему течению Мокши и в Цне (Рязанская, Тамбовская области). - Обычна в нижнем течении Оки (Владимирская, Рязанская и Нижегородская области). - В средней части Волги встречается по реке Сура (Пензенская, Ульяновская области) и по реке Алатырь в Мордовии.