Алакөл мемлекеттік табиғи қорығының фаунасында сүтқоректілердің 63 түрі, құстардың 269 түрі, балықтардың 22 түрі, жәндіктердің 1000-ға жуық түрі бар. Құстардың ішінде ерекше қызығушылық тудыратын түрлер: реликті шағала, қызғылт және бұйра бірқазандар, дуадақ, жекдуадақ және мойнақ сияқты жойылып бара жатқан және сирек кездесетін тау, шөл және суда жүзетін құстар. Өсімдіктерден ағаштар мен бұталардан, су өсімдігінен және шөптерден тұрады. Қорықта өсіп жатыр: түрліаяқ бөріқарақ; қайықша томағашөп; ақсары жуантамыр; көп бұтақты жыңғыл; егеушөп және балдыршөп, мүйізжапырақ және қияқ.