Экологиялық мониторинг жүйесінің құрамдас бөліктері: - Қоршаған ортаның мониторингі. - Антропогендік өзгерістердің мониторингі (адамның қоршаған сүйекке әсер етуі). Сонымен қатар, экологиялық мониторингтің ішкі жүйелерінен тұрады: - геофизикалық мониторинг (атмосфераның ластануы, лайлануы туралы мәліметтерді талдау, қоршаған орталық метеорологиялық және гидрологиялық мәлімдерін зерттеу); - климаттық мониторинг (климаттық жүйенің ауытқуын бақылау және болжау қызметі); - биологиялық мониторинг (тірі организмдердің қоршаған ортаға әсер ететін ластаушы заттардың әсеріне реакциясын бақылауда).