Эпигенетика зерттеулерінде молекулалық биологияның кең спектрі қолданылады, соның ішінде: хроматинның иммундық преципитациясы (ChIP-on-chip және ChIP-Seq әртүрлі модификациялары), in situ гибридизациясы, метилденгенге сезімтал рестриктазалар, ДНК-аденин-метилтрансферазаларды (DamID) тану, бисульфит секвенирлеу. Сондай-ақ, биоинформатика әдістерін пайдалану (компьютерлік эпигенетика) да маңызды рөл атқарады.