Мұхтар Шаханов әртүрлі кезеңдерде қазіргі заманғы қиын мәселелерді көрсеткен лидерлер арасында болды :
- Балқаш теңізі мен Арал теңізінің экологиялық мәселесі ;
- адам құқықтарын қорғау ;
- мемлекеттік тіл саясатының жетілдірілуі .
1988 жылы М. Шахановтың белсенді қолдауымен елде Наурыз мерекесі қайтадан өткізілді . Бұл ұлттық мереке совет дәуірінің кезінде офіс түрде 60 жылдан астам уақыт бойы өткізілмеген .
М. Шаханов 1989–1992 жылдары КСРО халық депутаты болды, Қазақстан Жоғарғы Кеңесінің, ҚР Парламенті Мажилис палатасының депутаты болып сайланды .