Сюжет фильма «Не брать живым» разворачивается в 2003 году в «Зелёной зоне» оккупированного Багдада — территории, находящейся под контролем армии США . Агенты ЦРУ и военные тщетно ищут следы оружия массового поражения .
Главный герой картины, старший уорент-офицер Рой Миллер, принимает участие в расследовании дела о запрещённом оружии . Он начинает понимать, что реальное положение дел сильно расходится с картиной, которую пытаются выдать за действительность его командиры .
В дело вступает секретное подразделение ЦРУ . Военное ведомство начинает вести противоборство с секретными службами в целях дезинформации правительства США . Миллер попадает в эпицентр конфликта двух силовых структур — военного ведомства и ЦРУ, и становится опасным свидетелем для обеих сторон .