Иссоп в кулинарии используют в свежем и сушёном виде .
Молодые побеги добавляют в маринады для оливок и сыров (например, во французский «Банон») . В арабской кухне иссоп кладут в мясные фарши и супы .
Листья растения добавляют в холодные закуски, салаты (особенно из помидоров и огурцов), мясные и овощные супы, соусы, рагу и жаркое . Также свежие или сухие листья иссопа кладут в чай, чтобы придать ему аромат свежести и улучшить вкус .
Иссоп хорошо сочетается с петрушкой, укропом, сельдереем, фенхелем, мятой, майораном и базиликом . Однако из-за довольно резкого запаха его добавляют в блюда в небольшом количестве .