Авиакомпания SCAT была основана в 1997 году. Первый полёт был совершён в 1998 году на Ан-24 по маршруту Алма-Ата — Кызылорда — Алма-Ата. Некоторые этапы развития авиакомпании: 1999 год — начало выполнения международных маршрутов. 2000 год — пассажирооборот составляет 3000 человек, парк воздушных судов состоит из 7 ВС Ан-24. 2001 год — авиакомпания получает контракт по выполнению рейсов на Африканском континенте, где получает опыт работы по новым стандартам. 2002 год — планомерно реализуется программа пополнения парка ВС, к концу года флот состоит из 13 ВС Ан-24 и 28 ВС Ан-2. 2003 год — ТОО «Авиакомпания „SCAT“» преобразовано в ЗАО, компания расширяет географию полётов, в регулярном расписании задействовано 36 внутренних и 10 международных направлений. 2004 год — объёмы пассажирских перевозок компании увеличились в 3 раза по сравнению с 2003 годом, ЗАО «Авиакомпания „SCAT“» преобразовано в АО «Авиакомпания „SCAT“». 2005 год — переход на реактивную технику, «SCAT» начинает эксплуатацию ВС Як-42, на котором впервые выполняет рейс Шымкент-Москва. 2008 год — переход на глобальную систему бронирования, переоснащение авиапарка на ВС Boeing, приобретены 2 ВС Boeing 737, открыт новый международный рейс Шымкент-Урумчи. 2009 год — приобретение первого ВС Boeing 757-200, компания начинает выполнять чартерную программу, открыты международные туристические рейсы в Турцию, Таиланд, Китай, ОАЭ, Египет. 2010 год — компания запускает реализацию авиаперевозок на электронных бланках, увеличивается сеть внутренних и международных рейсов. 2012 год — штат компании насчитывает более 750 человек, парк ВС состоит преимущественно из собственных самолётов Boeing 757/737, Bombardier CRJ-200/700, Як-42, Ан-24, Ан-2. 2018 год — авиакомпания начала получать новейшие Boeing 737 MAX, тем самым став первым эксплуатантом этих моделей в странах постсоветского пространства. 18 февраля 2021 года SCAT Airlines возобновила регулярные коммерческие рейсы на Boeing 737 MAX после почти двухлетнего запрета на эксплуатацию этих самолётов в Казахстане и других странах.