Хонсю . Ең үлкен және халқы ең көп аралы .
Хоккайдо . Екінші по величине арал . Сонымен қатар, ең ірі және ең солтүстік префектура . Негізгі қаласы — Саппоро .
Сикоку . Архипелагтың негізгі аралының ішіндегі ең кішісі және халқының ең аз бөлігі . Префектуралары: Мияги, Нагано, Фукусима және Тотиги .
Кюсю . Окинава аралдарын және Рюкю аралын қоса алғанда, архипелагтағы үшінші по величине аралы . Префектуралар: Окинава, Кагосима, Кумамото, Хиросима, Ямагути-Хатоэри және Нагасаки .