По состоянию на май 2025 года авиакомпания FlyArystan обслуживает следующие направления :
- Казахстан: Астана, Алматы, Актау, Актобе, Атырау, Караганда, Костанай, Кызылорда, Павлодар, Семей, Туркестан, Уральск, Усть-Каменогорск, Шымкент .
- Азербайджан: Баку .
- Грузия: Кутаиси .
- Китай: Урумчи, Инин .
- Кыргызстан: Бишкек, Тамчы (Иссык-Куль) .
- Турция: Стамбул .
- Узбекистан: Ташкент .
Также авиакомпания совершает внутренние рейсы по Казахстану, например, из Алматы в Нур-Султан, Тараз, Уральск, Караганду, Павлодар, Шымкент .