Личная жизнь Юрия Шерстнёва сложилась следующим образом:
Первый брак с Мариной Ковалевской (1963–1982) оказался неудачным . Супруги расстались тяжело, Марина забрала дочь Киру, а Юрий отошёл в сторону . После он хотел восстановить отношения с дочерью, но она не видела в этом необходимости .
Второй брак с Людмилой Макеевой (1983–2017) стал более удачным . Юрий принял сына Людмилы, которому было всего 3 года, и всю жизнь считал Илью родным . Супруги были счастливы вместе больше 30 лет, до последнего дня жизни Юрия Шерстнёва .