Сюжет игры Disciples II: Dark Prophecy состоит из четырёх кампаний (за каждую расу), по семь миссий в каждой. Предыстория: события предыдущей игры серии называются Первой Великой войной. Сюжет Империи: со времён Первой Великой войны союз с гномами так и не восстановлен, император Демосфен отошёл от дел — и Империей фактически стал управлять аристократ Юбер де Лейли, из-за чего государство пришло в хаос и оказалось на пороге гражданской войны. Сюжет Орд Нежити: отомстившая за гибель своего мужа Галлеана, богиня Мортис десять лет искала средство возродить своего супруга. Сюжет Горных Кланов: со времён Первой Великой войны пять из двенадцати кланов гномов пришли в упадок, и священные руны, отданные им на хранение, были утеряны. Истории кампаний переплетаются, а впоследствии начинают противоречить друг другу, поэтому в игре несколько концовок.