Сюжет игры Manhunt 3 рассказывает о детективе, который становится одним из объектов охоты, поскольку несколько банд в Карцере отправляются за ним в рамках съёмок фильма «Снафф» от Valiant Video Enterprises. От предыдущих частей сюжет Manhunt 3 отличается тем, что в игре более открытый мир, чем в предыдущих двух частях, и в конце игра становится полностью нелинейной, поскольку игрок открывает всё больше и больше областей. Также в Manhunt 3 есть «колесо оружия», похожее на игру Max Payne 3, в котором есть четыре слота: один для тяжёлого оружия (красный), такого как бейсбольные биты и штурмовые винтовки, один для оружия среднего калибра (синий), такого как ломы и пистолеты, один для лёгкого одноразового оружия (зелёный), такого как пластиковые пакеты и колючая проволока, и один для приманок (жёлтый), таких как пустые стеклянные бутылки и кирпичи.