В игре Painkiller 24 уровня, не связанных между собой по стилю дизайна (средневековые замки, современные заводы, психиатрические лечебницы и т. д.) . 5 из них — уровни с одной и той же миссией — «убить босса» .
Игра состоит из пяти глав, каждая из которых состоит из разного количества уровней (но не более шести) . Финальный представляет собой сражение с главным боссом .
В отличие от многих шутеров от первого лица, меню уровней предоставляет игроку возможность повторного прохождения уровней, что он, возможно, захочет сделать при определённых обстоятельствах . Чаще всего это происходит, если ему не удаётся заработать карту Таро при первом прохождении уровня .