В игре Hotline Miami 20 основных глав, которые делятся на 5 частей . Кроме основных, в игре присутствуют ещё 2 бонусные главы .
Главы связаны между собой тем, что сюжет подан в виде «субъективного повествования», а отображение реальности меняется в зависимости от самого персонажа игры . Некоторые главы игры поданы вне хронологического порядка .