Қоқан хандығының билеушілері өзбектердің Минг руынан шыққан . Алғашқы би — Шахрух-би (1680–1722) . Хан атағын алған алғашқы біреу — Әлім хан (1798–1809) . Соңғы билеуші — Насриддин хан (1850–1910)
Қоқан билеушілігі 1709–1876 жылдар аралығында болды . XIX ғасырдың алғашқы жартысында Қоқан тәуелсіз Түркістанның шығыс бөлігін алып жатты . Ресей империясы Қоқанды жаулап алды, сондықтан елдің территориясы біршама кішірейді .