Высшее актёрское образование Кирилл Балобан получил в Санкт-Петербургской государственной академии театрального искусства (ныне — РГИСИ), где учился в мастерской Арвида Зеланда .
В студенческие годы актёр участвовал в постановках учебного театра «На Моховой», сыграв главную роль в спектакле «Скоро ли ваша свадьба?» .