Омыртқасыз жануарлардың маңызы табиғатта зат айналымында маңызды рөл атқарады . Олардың көптеген түрлері эстетикалық мағынаға ие, олар табиғатқа сән беріп, әуесқойлық жинақтардың (моллюскалар, жарғаққанаттылар, көбелектер, қоңыздар, тікқанаттылар және т.б.) нысанасы болып табылады .
Омыртқасыздар ғылымда жалпы биологиялық құбылыстарды зерттеуде кең қолданылады . Мысалы, жеміс шыбынын алатын болсақ, ол маңызды генетикалық көптеген жануарларды ашуға көмектесті .