Қорғалжын мемлекеттік табиғи қорығының флорасы мен фаунасы туралы ақпарат табылмады. Алайда, оның аймағында 357 құстардың түрі мекендейді . Олардың ішінде 41 түрі Қазақстанның Қызыл кітабына енген . Сонымен қатар, мұнда 42 жануарлардың түрі, 6 қосмекенділердің түрі және 15 балықтың түрі бар .
Қорғалжындағы көлдерде әртүрлі балық түрлері тіршілік етеді: алтын және күміс қарашық, язь, балық, окунь, линь, налим және плотва .