Коргалжынский заповедник включает в себя различные экосистемы, такие как водно-болотные угодья, степи и полупустыни, солёные и пресноводные водоёмы .
На территории заповедника обитают более 300 видов птиц, в том числе пеликан, журавль и самая северная популяция розовых фламинго . В заповеднике насчитывается более 500 видов растений, включая тюльпан Шренка, занесённый в Красную книгу Казахстана .