Қостанай облысының аумағында 15 ерекше қорғалатын табиғи аумақтар бар, олардың ішінде:
- 1 мемлекеттік табиғат қорығы (Наурызым) ;
- «Алтын Дала» мемлекеттік ботаникалық резерваты ;
- республикалық маңызы бар 3 мемлекеттік зоологиялық қорықша (Тауынсор, Жарсор-Ұрқаш, Михайловка) ;
- жергілікті маңызы бар ботаникалық ескерткіштер (10) .