Реки, находящиеся на территории Акжарского района: Шат, Карашат, Карасу, Ащису, Мукур, Айрык . Они бывают полноводными только в период весеннего снеготаяния . После паводка реки превращаются в состояние плёсов, воды которых в летнее время резко осолоняются .
Озёра, расположенные на территории района: Улькен-Карой, Киши-Карой, Карасор, Жантайсор, Кулыколь . Из них только озеро Жантайсор — пресное, озеро Кулыколь — болотистое, сплошь покрытое густыми зарослями тростника, остальные — сильно солёные, и не имеют стока .