В Мугоджарах берут начало следующие реки:
- На западном склоне — реки Эмба и Орь (бассейн Каспийского моря) .
- На восточном склоне — правые притоки реки Иргиз (бессточная область) .
Орь берёт начало с Мугоджарских гор и является левым притоком реки Урал . Эмба и её притоки текут на запад . Иргиз — на восток .
Также в Мугоджарах много сезонных пересыхающих рек . Многие из них питаются талыми снежными водами и поэтому летом пересыхают .