Карликовая многозубка размножается с марта по октябрь . Пары образуются весной, беременность длится 27–28 дней .
За один помёт самка приносит от 2 до 6 детёнышей . Они рождаются голыми, слепыми с массой не более 0,2 г . Глаза открываются только на 14-й день . Молоком самка кормит детей 20 дней, в возрасте 4 недель зверьки становятся самостоятельными .
Вес новорождённого не превышает 0,2 грамма . Мамаша кормит их три недели молоком, и уже в четыре недели малыши становятся самостоятельными: полностью переходят на твёрдую пищу и отправляются на поиски своего места обитания .