Эль-Ниньо кезіндегі климаттық өзгерістерге әсер етуі мүмкін:
Жайылған кездегі ауа райының температурасының арта түсуі . Осылайша, кейбір аймақтардағы суық жағдайлар, орман қызулары және ауыл шаруашылығының жанармайына әкелуі мүмкіндік бар .
Қатты жауын-шашындар мен құйрықтаулар . Көптеген аумақтағы ауыр атмосфералық жүйелердің пайда болуына және қатты құйрықтық заттарға әкелуге ықпал етеді . Бұл құйрығын алып тастау, инфраструктураны бұзу және адамдардың өмірі мен денсаулығына қауіпті жағдайларына әкеледі .
Эль-Ниньодағы климаттық аномалиялардың көптеген нәтижелері экономикалық, экологиялық және медициналық салаларға әсер етеді, сондықтан оларды бақылау және алдын алу маңызды .