Озеро Ван уникально с точки зрения экологии благодаря своему происхождению и составу воды .
Водоём появился 200 тыс. лет назад в результате извержения вулкана Немрут . Лавовый поток тогда перекрыл сток воды из Ванской котловины, образовав гигантскую запруду — прародительницу современного бессточного озера .
Вода в озере мягкая, с небольшой солёностью (22%) . Она содержит соду, придающую ей моющие свойства, благодаря которым в водоёме хорошо отстирываются вещи . Такая вода благотворно действует на кожу, особенно при наличии мелких ран и трещин .
В озере водится только один вид рыб из семейства карповых — «индже кефаль» или «жемчужная кефаль» . Крупная рыба, внешне похожая на сельдь, способна жить в пресной и в солёной воде . В период нереста (апрель—июль) они перемещаются в устья ручьёв и рек, питающих озеро .