Топтық жұмысты ұйымдастыру кезінде келесі қиындықтар туындауы мүмкін:
Бір топтың шуылының екінші топқа әсері . Бір топ жұмыс аяқтап, басқа топтардың мүшелері өз жұмыстарын аяқтауға тырысады .
«Үлгермеу» тапсырманы орындау . Берілген уақыт ішінде тапсырманың түрі мен көлемі өзгеруі мүмкіндігін ескермейді .
Шығармашылық жұмыс аяқсыз қалады . Оқушылар бірлесіп ортақ мәселелерді талқылағанда жаңа пікірге шығармашылықпен қарау тұрғысында, жаңалықтар ашу барысында жұмыс жасайды .