Прокариоттар мен эукариоттар арасындағы негізгі айырмашылықтар:
Прокариоттық жасушаларда генетикалық материал цитоплазмада, көбінесе сызықтық ДНК молекуласы бар нуклеоид түрінде орналасқан . Эукариоттық жасушалар ядролық қабықтың ішіндегі генетикалық мәліметтердің (ДНК) орналасқаны белгілі .
Прокариоттық клеткалардың ішінде органоидтар мен мембраналық құрылымдар жоқ . Эукариоттағы клеткалар эндоплазмалық жүйе, Гольджи аппарат, митохондриялар және басқа да органоидтерді қамтиды .
Эукариотқа жататын жануарлар, өсімдіктер, жұмыртқалар және протистерге жатады . Прокариотқа жатқыратын бактериялар мен археялар жатады, олар әдетте аз және әлсіз .