Прокариоттар мен эукариоттар арасындағы эволюциялық байланыс туралы бірыңғай пікір жоқ.
Эукариотикалық жасушалардың қалыптасуының кейбір гипотезалары бойынша, олар прокариотикалық клеткалардан пайда болды . Бұл гипотезалардың екінісі, эукариотикалық жұқа — симбиотикалық құрылым, ол жалпы мембранамен қоршалған бірнеше әртүрлі түрде жұқап жатқан жұқалардан тұрады .
Бұл теорияға сәйкес, қазіргі заманғы жасыл өсімдіктердің жасушаларындағы пластидтер қазірдің аэробтық фотосинтезге қабілетті цианобактериялардан шыққан . Эукариотикалық жеке жақтарын қалай пайда болуы мүмкін деген пікір бар.