Педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми орталығы Қазақ КСР ОАК және Халық комиссариаты кеңесінің қаулысы бойынша 1932 жылы 28 қарашада Ана мен нәрестелердің денсаулығын қорғау ғылыми зерттеу институты болып құрылды .
1972 жылға дейін институт Аналар мен сәбилерден денсаулықты қорғайтын ғылыми-зерттеу институтын білді . 1980 жылдан бастап Алматы медициналық институтының (қазіргі Қазақ ұлттық медицина университеті) балалар хирургиясын зерттейтін кафедрасымен біріктіріліп, қазіргі атымен аталады .