Негізгі принциптер органикалық химияда мыналар болуы мүмкін:
Атомдардың өзара әсері . Молекулалардағы атомдар арасындағы химиялық байланыс, оның сипаты, салыстырмалы мәндері, бағыты және полярдылығы .
Құрылымдық формулалар . Заттың молекуласының құрылысын заттың өзіне ғана тән жалғыз құрылымдық формулы арқылы өрнектеуге болады . Мысалы, HHH HC CC H .
Құрамы мен құрылысы . Элементтік құрамын анықтау үшін заттарды элементтік талдау арқылы бөліп, қосылыстарды синтездеу және тазарту арқылы анықтайды .