Қазіргі Нүкіс қаласының тарихына келесі кезеңдер жатады:
Ежелгі Хорезм мемлекетінің қоласты . Бұл жерде Шорша атты көне қалашық болған, ол Хорезмнің шекараларын қорғап, Әмудария өзенінің су жолын бақылайтын әкімшілік нүкте болды .
ХІІ ғасыр . Алғашқы деректер Нүкіске қатаң әскери қорғаныс қамалы деп жатқызады, бірақ бұл құрылыстар сақталған жоқ .
XIX ғасырдағы ауыл . 60-жылдары бұл жерде Нүкістің аулы пайда болды (қарақалпақ No’kis — монголдық нохос туының атауынан шыққан) .
Қаланың қазіргі тарихын зерттеу қиын, өйткені археологтар көне қалаштың орнын тапқан жоқ.