МАГАТЭ келесі бағдарламаларды жүзеге асырады:
Ядерлік қарулардың таралуын болдырмау . Агентстің ең маңызды бағыты — атомдық қаруларды таратуды болдырмауда .
«Фукусима» АЭС-нің посебелін бақылау . МАГАТЭ «Фукусима АЭС»-ді бақылап, оның жағдайына жауап береді .
Экологиялық өзгерістерді бақылауда . Агенттіктің эксперттер жер мен су системаларын зерттейді, климаттың әсерін қоршаған ортаға және адамның денсаулығына бағалап, мүмкіндіктерді анықтайды .