Қазақстандағы археология ғылымының негізін қалаушылардың бірі Әлкей Марғұлан болып саналады .
1926–1927 жылдары КСРО ҒА академигі Александр Ферсман мен профессор Сергей Руденко басшылығымен ұйымдастырылған Қазақстан және Алтай археология және этнография жұмысына қатысты . Экспедиция барысында Әлихан Бөкейхановпен тығыз қарым-қатынас орнатып, бiрлесiп қызмет жасады .
Әлкей Маргулан Оңтүстік Қазақстан жерінде ежелгі қала мәдениетінің іздерін зерттеді . Ол Сауран, Сығанақ, Тараз қалаларының жоспарларын картаға түсіріп, Жаңакент қаласындағы археологиялық қазба жұмыстарын жүргізді және ортағасырлық қалаларды зерттеудің ғылыми негізін салуды .