Қаратау жотасы тақтатастардан, құмтастардан және әктастардан тұрады, сондай-ақ доломиттерден және карсттың дамуымен ерекшеленеді . Жотаның ең биік жері Бессаз тауының биіктігі 2176 метр болып табылады .
Қаратаудың оңтүстік-батыс беткейі салыстырмалы түрде еңісті және кең, ал солтүстікке дейінгі бөліктерде айтарлықтай тік . Көптеген өзендердің терең аңғарлары мен уақытша су ағындары жотаның беткейлерін бөлшектейді .